Auf meinem System hab ich eher zufällig beobachtet, das gelegentlich die Meldung
Notice: session_start(): ps_files_cleanup_dir: opendir(/var/lib/php5) failed: Permission denied (13) in ...
in eigentlich aktiven und funktionierenden Sitzungen auftaucht. Also die Permissions passen, wenn ich nachgucke, da scheint wohl PHP irgendein Problem zu haben.
Das Problem scheint aber nicht wirklich unbekannt zu sein, da Google mir einiges und auch sehr konkretes dazu ausspuckt.
Ein sehr oft beschriebener Workaround ist, die passende php.ini aufzusuchen und den Wert von session.gc_probability auf 0 zu setzen.